债券指数作为一种市场基准时表现良好，而作为一种投资组合时表现却很糟糕。大多数股票型ETF都持有其指数中的所有股票，这在债券型ETF中是不可能的。债券指数通常包含了成百上千种的单一债券，ETF想要买进所有的债券不仅困难，而且花费的成本高昂。在流动性差的市场购买数千种债券，哪怕是购买对指数影响最小的债券，其花费的成本也会影响ETF的回报。

债券型ETF基金经理经常会优化该ETF追踪的指数。为了降低成本，他们通常会在债券指数中根据信贷质量、风险敞口、相关性、久期和风险等指标，选出最具代表性的债券来复制指数。这一过程被称为优化或抽样。

优化能节省成本，但也具有一定风险。由于不同的基金经理会采用不同的优化策略，随着时间的推移，某些ETF可能会逐渐偏离其追踪的指数。然而，大多数ETF都能很好地追踪它们的指数，但也有一些ETF每年会偏离它们的基准几个百分点甚至更多。